نام شریف آن حضرت محمد و کنیه ی ایشان ابوجعفر است القاب شریفشان باقر، شاکر و هادی است لقب مشهور ايشان به دليل دانش بيكران باقر يا باقر العلوم بوده است … صدوق و طوسي در امالي خود روايت كرده اند كه رسول الله (ص) آن حضرت را باقر ناميد و به جابر بن عبد الله انصاري فرمود: « اي جابر زمان يكي از اولاد مرا كه از فرزندان حسين است درك خواهي كرد، او هم نام من است و علم را با مهارت بسط ميدهد و ميشكافد، وقتي او را ديدي سلام مرا به او برسان».  
پدر بزرگوارشان امام علی بن الحسین علیه السلام و مادر گرامی شان حضرت فاطمه دختر امام حسن مجتبي علیه السلام است كه مكني به ام عبد الله يا ام الحسن بود و با اين ترتيب آن حضرت هم از جانب مادر و هم از جانب پدر فاطمي و  علوي بوده است و ایشان را ابن الخیرتین می نامیدند.

 
شخصيت اخلاقي:

در گفتار راستگو ترين و در ديدار گشاده رو ترين و در  بذل جان در راه خدا بخشنده ترين و در اخلاق متواضع ترين مردمان بود.  از خوف خدا بسيار ميگريست و هنگام مشكلات اهل بيت را جمع ميكرد و با هم به ذكر و استغفار ميپرداختند. قسمت عمده درآمد خود را در راه خدا انفاق مي فرمود ، متواضعترین افراد بود ، خود مانند غلامانش در مزرعه كار ميكرد. آنچه ازمحصول كشاورزى - كه با عرق جبين و كد يمين - به دست ميآورد در راه خدا انفاق ميفرمود سيرت و صورتش ستوده بود .پيوسته لباس تميز و نوميپوشيد .در كمال وقار و شكوه حركت ميفرمود . بسيار گشاده رو و با مؤمنان و دوستان خويش برخورد بود .با همه اصحاب مصافحه ميكرد و ديگران را نيز بدين كار تشويق ميفرمود ..در زهد و فضل و تقوي و آشنايي با رموز قرآن و سنت و تفسير و احكام شرع سرآمد همگان بود … علي بن عيسي اربلي در كتاب كشف الغمه و انب طلحه در مطالب السوول و سبط ابن جوزي در تذكره الائمه و ساير محدثين اهل سنت از عبد الله بن عطاء مكي روايت كرده اند كه گفته است: علماء را نزد هيچكس حقير تر از آن نديدم كه در محضر ابو جعفر محمد بن علي ديدم .
 
  اصحاب امام باقر علیه السلام
 
آوازه علوم و دانش امام باقر (ع) چنان اطراف و اكناف پيچيده بود كه ملقّب به باقرالعلوم; يعنى شكافنده دانش ها گرديد. در مكتب امام ابوجعفر باقر العلوم -كه درود خدا بر او- شاگردانى نمونه و ممتاز پرورش يافتند كه اينك به نام برخى از آنان اشاره مى ‏شود: 
1- ابان بن تغلب: او محضر سه امام - امام زين العابدين، امام محمد باقر و امام جعفر صادق عليهم السلام - را درک نمود . ابان از شخصيتهاي علمي عصر خود بود و در تفسير، حديث، فقه، قرائت و لغت تسلط بسياري داشت. والايي دانش ابان چنان بود که امام باقر عليه السلام به او فرمود: در مسجد مدينه بنشين و به راي مردم فتوا بده، زيرا دوست دارم، مردم فردي چون تو را در ميان شيعيان ما ببينند. 
2- زراره: دانشمندان شيعه از ميان شاگردان امام باقر و امام صادق عليهما السلام، شش تن را فقيه تر مي شمرند  که زراره يکي از آنها است. از امام صادق نقل است که فرمود: اگر "بريد بن معويه"، "ابوبصير"، "محمد بن مسلم" و "زراره " نبودند، آثار پيامبر (معارف شيعه) از ميان مي رفت، آنان بر حلال و حرام خدا امين هستند. باز فرمود: بريد، زراره، محمد بن مسلم و احول در زندگي و مرگ نزد من محبوبترين مردمان هستند. 
3- کميت اسدي: شاعري سر آمد بود و زبان گويايش در دفاع از اهل بيت، اشعاري پر مغز مي سرود. اشعارش چنان کوبنده و رسواگر بود که پيوسته از طرف خلفاي اموي تهديد به مرگ مي شد.
4- محمد بن مسلم: فقيه اهل بيت و از ياران راستين امام باقر و امام صادق عليه السلام بود. چنان که گفته شد، امام صادق او را يکي از آن چهار تن به شمار آورده که آثار پيامبر به وجودشان پا برجا و باقي است.
 
  شخصيت علمي:


در دوره امامت امام محمد باقر علیه السلام و فرزندش امام جعفرصادق علیه السلام مسائلى مانند انقراض امويان و بر سر كار آمدن عباسيان و پيدا شدن مشاجرات سياسى و ظهور سرداران و مدعيانى مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانى و ديگران مطرح است ، ترجمه كتابهاى فلسفى و مجادلات كلامى در اين دوره پيش ميآيد ، و عدهاى از مشايخ صوفيه و زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پيدا ميشوند .
قاضيها و متكلمانى به دلخواه مقامات رسمى و صاحب قدرتان پديد مي آيند و فقه و قضاء و عقايد و كلام و اخلاق را - بر طبق مصالح مراكز قدرت خلافت شرح و تفسير مينمايد ، و تعليمات قرآنى - به ويژه مسأ له امامت و ولايت را ، كه پس از واقعه عاشورا و حماسه كربلا ، افكار بسيارى از حق طلبان را به حقانيت آل على ( ع ) متوجه كرده بود ، و پرده از چهره زشت ستمكاران اموى ودين به دنيا فروشان برگرفته بود ، به انحراف ميكشاندند و احاديث نبوى را دربوته فراموشى قرار ميدادند .
برخى نيز احاديثى به نفع دستگاه حاكم جعل كرده ويا مشغول جعل بودند و يا آنها را به سود ستمكاران غاصب خلافت دگرگون مينمودند .
اينها عواملى بود بسيار خطرناك كه بايد حافظان و نگهبانان دين در برابر آنهابايستند .
بدين جهت امام محمد باقر علیه السلام و پس از وى امام جعفر صادق علیه السلام از موقعيت مساعد روزگار سياسى ، براى نشر تعليمات اصيل اسلامى و معارف حقه بهره جستند ، و دانشگاه تشيع و علوم اسلامى را پايه ريزى نمودند .
بي ترديد چنان که بسياري از علماي اهل سنت، نيز گفته اند، امام باقر عليه السلام در زمان حيات خويش شهرت فراواني داشته و همواره محضر او از دوست دارانش، از تمامي بلاد و سرزمينهاي اسلامي، پر بوده است. موقعيت علمي ايشان، به مثابه شخصيتي عالم و فقيه، به ويژه به عنوان نماينده علوم اهل بيت، بسياري را وا مي داشت تا از محضر او بهره گيرند و حل اشکالات علمي و فقهي خود را از او بطلبند. در اين ميان، اهل عراق که بسياري از آنان شيعه بودند بيش از ديگران مفتون شخصيت آن حضرت شده بودند.

مراجعه کنندگان، خضوعي خاص نسبت به شخصيت علمي امام داشتند چنان که عبدالله بن عطاي مکي گويد: علما را در محضر هيچ کسي کوچکتر از زمان حضور در محضر امام باقر عليه السلام نديدم. حکم بن عينيه با تمام عظمت علمي اش در ميان مردم، در برابر آن حضرت مانند دانش آموزي در مقابل معلم خود به نظر مي رسيد. 
شهرت علمي امام، در حد تعبير ابن عنبة، مشهورتر از آن است که کسي بخواهد آن را بيان کند. اين شهرت در زمان خود ايشان، نه تنها در حجاز که «کان سيد فقهاء الحجاز» بلکه حتي در عراق و خراسان نيز به طور گسترده فراگير شده بود. چنانکه راوي مي گويد: ديدم که مردم خراسان دور حضرت حلقه زده و اشکالات علمي خود را از ايشان مي پرسيدند. 
ذهبي درباره امام باقر عليه السلام مي نويسد: ايشان از کساني است که بين علم و عمل، سيادت و شرف و وثاقت و متانت جمع کرده و براي خلافت اهليت داشت. 
ابرش کلبي از هشام بن عبدالملک پرسيد: اين کيست که مردم عراق او را در ميان گرفته و مشکلات علمي خود را از وي مي پرسيدند؟ هشام گفت: اين پيامبر کوفه است، خود را پسر رسول خدا و شکافنده علم و مفسر قرآن مي داند. 
 
دوران زندگي و شهادت ايشان:

امام باقر (عليه السلام) با پنج خليفه از خلفاى بنى اميّه معاصر بود كه عبارتند از: وليد بن عبد الملك (96 ق) و سليمان بن عبد الملك ( 99 ق) و عمر بن عبد العزيز (101 ق) و يزيد بن عبد الملك (107ق) و هشام بن عبد الملك ( 125 ق) معاصر بوده است. و همه آنان جز عمر بن عبدالعزيز در ستمگرى و استبداد و خودكامگى دست كمى از نياكان خود نداشتند و پيوسته براى امام باقر (عليه السلام) مشكلاتى فراهم مى نمودند.

ولى در عين حال، او از طريق تعليم و تربيت، جنبشى علمى به وجود آورد و مقدّمات تأسيس يك مركز علمى اسلامى را در دوران امامت خود پى ريزى كرد كه در زمان فرزند بزرگوارش امام جعفر صادق (عليه السلام) به نتيجه كامل رسيد.
حضرت امام محمد باقر علیه السلام 19 سال و ده ماه پس از شهادت پدر بزرگوارش حضرت امام زين العابدين علیه السلام كرد و در تمام اين مدت به انجام دادن وظايف خطير امامت، نشر و تبليغ فرهنگ اسلامى ، تعليم شاگردان ، رهبرى اصحاب و مردم ، اجرا كردن سنتهاى جد بزرگوارش در ميان خلق ، متوجه كردن دستگاه غاصب حكومت به خط صحيح رهبرى و راه نمودن به مردم در جهت شناخت رهبر واقعى و امام معصوم، كه تنها خليفه راستين خدا و رسول ( ص ) در زمين است ، پرداخت و لحظه اى از اين وظيفه غفلت نفرمود .

روش كار پيشوايان ما به ويژه امام سجّاد و امام باقر (عليهم السلام) كه در اوضاع فشار و خفقان به سر مى بردند به شيوه مخفى و زيرزمينى بود، شيوه اى كه موجب مى شد كسى از كارهاى آنان مطّلع نشود. همين كارهاى پنهانى، گاهى كه آشكار مى شد، خلفا را سخت عصبانى مى نمود در نتيجه، وسايل تبعيد و زندانى آنها فراهم مى شد.

سرانجام، امام باقر (عليه السلام) كه پيوسته مورد خشم و غضب خليفه وقت، هشام بن عبدالملك بود، به وسيله ايادى او مسموم شد و در روز دوشنبه 7 ذيحجّه سال 114 هجرى قمرى در 57 سالگى به شهادت رسيد. بدن مطهر آن درياي بيکران دانش خدايي در خاک بقيع، در کنار پدر و جد بزرگوارش امام حسن مجتبي و امام سجاد عليهما السلام به خاک سپرده شده است.
 
جالب توجه و قابل دقت و يادگيرى است كه امام محمد باقر علیه السلام وصيت ميكند به فرزندش امام جعفر صادق علیه السلام كه مقدارى از مال او را وقف كند ، تاپس از مرگش ، تا ده سال در ايام حج و در منى محل اجتماع حاجيها براى سنگ انداختن به شيطان ( رمى جمرات ) و قربانى كردن براى او محفل عزا اقامه كنند .
توجه به موضوع و تعيين مكان ، اهميت بسيار دارد .
به گفته صاحب الغدير - زنده ياد علامه امينى - اين وصيت براى آن است كه اجتماع بزرگ اسلامى ، در آن مكان مقدس با پيشواى حق و رهبر دين آشنا شود و راه ارشاد در پيش گيرد ، واز ديگران ببرد و به اين پيشوايان بپيوندد ، و اين نهايت حرص بر هدايت مردم است و نجات دادن آنها از چنگال ستم و گمراهى .